Mais on ne peut parler de ce réseau scolaire sans évoquer l’Eglise réfractaire organisée sous la Révolution, par le vicaire général Linsolas, en 25 missions qui constituent des territoires administrés par un chef de mission clandestin assisté d’un certain nombre de prêtres.
Dans chaque commune un chef de village, laïc, dirige les fidèles. Les missionnaires nomment des catéchistes proposés par lui et divisés en trois classes : les « stables » qui enseignent la religion aux enfants et organisent la venue du missionnaire ; les catéchistes « ambulants » qui accompagnent le missionnaire, assurent sa sécurité et portent son courrier ; les catéchistes « précurseurs » qui enquêtent dans les communes où la mission n’est pas encore installée.
Marlhes a pu relever de la mission de Saint Étienne forte de 31 prêtres et La Valla de celle de Saint Chamond . Ce système d’enseignement a certainement laissé des traces parce que des religieuses se sont réfugiées dans les villages de montagne et y ont enseigné le catéchisme. Par exemple, à Saint Genest Malifaux l’abbé Rousset-Gualin visite la paroisse tous les quinze jours. Quatre soeurs de Saint Joseph, qui travaillent pour gagner leur vie, l’aident à préparer les enfants à la première communion.
On s’est donc habitué à un système d’enseignement non seulement indépendant de l’État, mais méfiant à son égard. Ce sentiment pèsera lourd quand l’Université voudra imposer sa présence et sa méthode d’enseignement mutuel. On peut d’autre part supposer que cet enseignement n’était pas purement oral mais que le catéchisme servait de base à l’enseignement de la lecture au moins.
Quand le préfet, en 1800, déclare que dans la Loire
« les campagnes de ce département étaient privées d’instruction avant la Révolution » , qu’ « il s’est présenté peu d’instituteurs » à cause d’un traitement insuffisant, que les gens sont indifférents à l’instruction et surtout qu’un penchant marqué pour la superstition dans toutes les campagnes, ravivé par la présence des prêtres insoumis, a contribué à éloigner des écoles primaires, (Paul Beaujard p 37)
il manifeste ses préjugés et la vision de l’État plus que la réalité. Néanmoins il voit clair sur un point : le rôle de l’Église réfractaire dans le refus de l’école républicaine car
« Linsolas interdisait de remplir les fonctions officielles et d’envoyer les enfants aux écoles où ils apprenaient le catéchisme républicain par un sans-culotte »
A. Lanfrey : Marcellin Champagnat et les Frères Maristes, p 64 sv